A pesar de que las autoridades aéreas habilitaron a Flybondi a seguir operando, las principales agencias de viajes decidieron dar un paso al costado y dejar de vender sus pasajes. A las pequeñas firmas del sector se sumaron grandes plataformas como Despegar y Almundo, que retiraron o restringieron la oferta de la aerolínea low cost de sus sistemas de venta.
La determinación responde a los constantes problemas operativos de la compañía, marcada por continuas cancelaciones, reprogramaciones y suspensión de rutas. Para los intermediarios turísticos, comercializar estos billetes implicaba un alto costo reputacional y financiero por la cantidad de reclamos de pasajeros varados y la gestión de devoluciones.
Esta decisión golpea fuertemente la red de distribución de la empresa, que además atraviesa complicaciones judiciales y financieras por millonarios embargos en sus cuentas. De este modo, la aerolínea pierde su principal canal indirecto de comercialización y limita sus ventas al canal directo de su propia plataforma web.